Umm, if they don't have a box it says it in the description. Some of the machine translated ones say "there is no box theory" in the description (it was doing great until it tried to translate that last word). It'll often also just have a picture of the card but you can't rely on that.
Hmm, well Google translate isn't coming up with that... but it does mention something about a box. Don't know whether I can post Japanese:
【中古】【10P26Jan12】PCエンジンHuカードソフト ソルジャーブレイド (箱説なし)【画】(261000262001)
Unit Price JPY 2300 x 1 pcs = JPY 2300 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンHuカードソフト ストリートファイター2ダッシュ (箱説なし)【画】(261000283001)
Unit Price JPY 121 x 1 pcs = JPY 121 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンアーケードカードソフト ワールドヒーローズ2【画】(162000300001)
Unit Price JPY 358 x 1 pcs = JPY 358 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンCDソフト デコボコ伝説 走るワガマンマー【画】(162000040001)
Unit Price JPY 410 x 1 pcs = JPY 410 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンスーパーCDソフト ザ・デビスカップテニス【画】(162000118001)
Unit Price JPY 22 x 1 pcs = JPY 22 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンスーパーCDソフト STARパロジャー【画】(162000137001)
Unit Price JPY 1500 x 1 pcs = JPY 1500 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンHuカードソフト 出たなツインビー【画】(161000252001)
Unit Price JPY 1030 x 1 pcs = JPY 1030 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
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【中古】【10P26Jan12】PCエンジンHuカードソフト パロディウスだ!【画】(161000250001)
Unit Price JPY 1100 x 1 pcs = JPY 1100 ( tax incl. Shipping fee not incl. )
Is the (箱説なし) the bit that says "no box"? Google says it means no description box.